ขึ้นชื่อว่าซอฟต์แวร์ย่อมมีช่องโหว่ เพื่อป้องกันภัยคุกคามจากภายนอก
โดยผ่านทางซอฟต์แวร์ที่พัฒนาขึ้น
ดังนั้นผู้พัฒนาซอฟต์แวร์เหล่านั้นจึงต้องติดตามอัพเดตเวอร์ชันอยู่เสมอ
และผู้ใช้งานโปรแกรมเองก็จำเป็นต้องติดตามข่าวสารการเปลี่ยนแปลงของซอฟต์แวร์ที่ใช้งานอยู่จากผู้จำหน่ายหรือผู้พัฒนา
ทั้งทางเว็บไซต์ นิตยสารต่างๆ เป็นต้น
ระบบปฏิบัติการ
ไม่จำเป็นเสมอไปว่าจะต้องใช้ระบบปฏิบัติการที่ออกใหม่ล่าสุด
แต่ถ้าภายในองค์กรมีกำลังทรัพย์พอที่จะเปลี่ยนก็จะเป็นการดี
แต่ถ้าด้วยสาเหตุที่งบประมาณน้อยก็ใช้ระบบปฏิบัติการเดิมแต่ต้องทำการติดตามอัพเดต
Hotfix และ Service Pack ต่างๆ ซึ่งสามารถอ่านรายละเอียดเพิ่มเติมในหัวข้อ "วิธีการติดตั้ง
Microsoft Hotfix และ Service Pack"
โปรแกรม Internet Explorer หรือ IE
เป็นโปรแกรมเว็บบราวเซอร์ที่มาพร้อมกับระบบปฏิบัติการวินโดวส์ทุกเวอร์ชัน
เนื่องด้วยไวรัสในยุคปัจจุบันจะอาศัยช่องโหว่ "Incorrect
MIME Header Can Cause IE to Execute E-mail Attachment" ในการจู่โจม
ซึ่งเป็นการเอ็กซิคิวต์ไฟล์ไวรัสที่แนบมากับอี-เมล์โดยอัตโนมัติ
และการจู่โจมด้วยวิธีนี้ประสบความสำเร็จเป็นอย่างมาก
ดังนั้นวิธีการเพื่อป้องกันไวรัสคือการอัพเดตเวอร์ชันของโปรแกรม IE
ให้เป็นเวอร์ชันล่าสุด ซึ่งในขณะนี้คือ เวอร์ชัน
6 Service Pack 1 (IE 6 SP1) นอกจากนี้แล้ว การปรับแต่งค่า Security Zone
ก็เป็นวิธีที่จะช่วยให้ปลอดภัยจากไวรัสคอมพิวเตอร์ได้ในระดับหนึ่ง
ซึ่งรายละเอียดเพิ่มเติมในหัวข้อ "การปรับค่า Security
Zone เพื่อป้องกันไวรัสของโปรแกรม MS Internet Explorer"
โปรแกรมที่ใช้อ่านอี-เมล์
จากข้อมูลสถิติพบว่าไวรัสคอมพิวเตอร์ประเภทหนอนอินเทอร์เน็ตยุคหลังๆ
ที่สามารถแพร่กระจายตัวเองผ่านทางอี-เมล์มีจำนวนมากขึ้น
ทำให้ผู้ที่รู้เท่าไม่ถึงการณ์เอ็กซิคิวต์ไฟล์ที่ไวรัสแนบมากับอี-เมล์
ส่งผลให้เครื่องดังกล่าวติดไวรัสได้
ดังนั้นวิธีการป้องกันคือทำปรับแต่งค่าของโปรแกรมไม่ให้ทำการเอ็กซิคิวต์ไฟล์ที่แนบมากับอี-เมล์โดยอัตโนมัติ
และไม่ควรบันทึกหรือเอ็กซิคิวต์ไฟล์ที่ไม่แน่ใจว่าเป็นไวรัสหรือไม่
เพื่อตัดปัญหาความเสี่ยงที่จะติดไวรัสได้
โปรแกรม Microsoft Office
การป้องกันการแพร่กระจายของไวรัสที่มีผลกระทบโดยตรงต่อโปรแกรมนี้คือ
การป้องกันไม่ให้เอ็กซิคิวต์โปรแกรมประเภทมาโคร (Macro)
ที่แนบมากับไฟล์เอกสารทั่วไป
ซึ่งโดยทั่วไปแล้วเมื่อทำการเปิดไฟล์เอกสารที่มีโปรแกรมมาโครฝังตัวอยู่นั้น
โปรแกรม Microsoft Office
เองจะแสดงไดอะล็อกที่บอกว่าจะเอ็กซิคิวต์มาโครที่ติดมากับไฟล์หรือไม่
ให้ทำการตอบว่า Disable เพื่อเป็นการยกเลิกการใช้มาโครในไฟล์เอกสารนั้น